「バカ停」とは、ダイヤ上の都合などで旅客駅や信号所、貨物駅などにて長時間停車していることを指します。
「バカみたいに長時間停車している」という語源から来ています。
営業列車は基本的に最速で駆け抜けるのでバカ停することは少ないですが、直接的に旅客が関係しない貨物列車や回送電車、試運転電車などの場合は時間調整や乗務員交代、予備時間の確保などの理由でバカ停をすることがあります。
言葉中に「バカ」とありますが、あまり否定的なニュアンスでは用いられず、単純に「長時間停車をしている」という中立的な認識の言葉です。